हजारो वर्षांपासून महाराष्ट्रात शेतकरी समुदायांची वस्ती आहे. पुण्याजवळील इनामगाव आणि गोदावरी खोऱ्यातील दायमाबाद यांसारख्या ठिकाणच्या ताम्रपाषाणयुगीन गावांवरून मोठी राज्ये उदयास येण्याच्या खूप आधीपासून येथील लोक पिके घेत, गुरे पाळत आणि रंगवलेली मातीची भांडी बनवत असत हे दिसून येते. इ.स.पू. तिसऱ्या शतकात या प्रदेशाचे काही भाग मौर्य साम्राज्याखाली आले, आणि मुंबईजवळील सोपारा येथे अशोकाचा शिलालेख सापडला आहे.
साधारण इ.स.पू. दुसऱ्या शतकापासून सातवाहनांनी प्रतिष्ठान म्हणजेच आजच्या पैठण येथून दख्खनवर राज्य केले. व्यापारी आणि भिक्षूंनी सह्याद्रीतून जाणाऱ्या व्यापारी मार्गांवर कातळात कोरलेल्या बौद्ध लेण्यांच्या निर्मितीला आश्रय दिला. कार्ला, भाजा, नाशिक आणि अजिंठ्याची सुरुवातीची लेणी याच काळातील आहेत. पुढे पाचव्या शतकात वाकाटकांच्या काळात अजिंठ्याला त्याची जगप्रसिद्ध चित्रे लाभली. त्यानंतर चालुक्य आणि मग राष्ट्रकूट आले, आणि आठव्या शतकात राष्ट्रकूट राजा पहिला कृष्ण याने एकाच अखंड खडकातून कोरलेल्या वेरूळ येथील कैलास मंदिराच्या निर्मितीस सुरुवात केली. अजिंठा, वेरूळ आणि मुंबईजवळील घारापुरी लेणी ही सर्व युनेस्को जागतिक वारसा स्थळे आहेत.
बाराव्या आणि तेराव्या शतकांत यादव राजवंशाने देवगिरी येथून राज्य केले. याच काळात संतकवी ज्ञानेश्वरांच्या माध्यमातून मराठी साहित्य बहरले. 1296 मध्ये अलाउद्दीन खिलजीने देवगिरीवर हल्ला केला, आणि नंतर दिल्ली सल्तनतीने किल्ल्यावर ताबा मिळवला. मुहम्मद बिन तुघलकाने त्याचे नाव दौलताबाद ठेवले आणि काही काळ आपली राजधानी तेथे हलवण्याचा प्रयत्न केला. 1347 मध्ये दख्खनमध्ये बहमनी सल्तनतीची स्थापना झाली, आणि नंतर तिचे अहमदनगर आणि विजापूर यांसह अनेक सल्तनतींमध्ये विभाजन झाले. सतराव्या शतकात मुघल दख्खनमध्ये घुसले, आणि औरंगाबादमधील बीबी का मकबरा याच काळातील आहे.
सतराव्या शतकात जुन्नरजवळील शिवनेरी किल्ल्यावर जन्मलेल्या छत्रपती शिवाजी महाराजांचा उदय झाला. त्यांनी डोंगरी किल्ले आणि किनारी जलदुर्गांच्या जाळ्याच्या साहाय्याने स्वतंत्र स्वराज्य उभारले, आणि 1674 मध्ये रायगडावर त्यांचा राज्याभिषेक झाला. त्यांच्या निधनानंतर मराठ्यांनी मुघलांविरुद्ध दीर्घ संघर्ष सुरू ठेवला, आणि अठराव्या शतकात पुण्यातील शनिवारवाड्यातून राज्य करणाऱ्या पेशव्यांनी मराठा सत्तेचा विस्तार भारताच्या बहुतांश भागात केला.
किनारपट्टीवर युरोपीय सत्ता दाखल झाल्या. पोर्तुगीजांच्या ताब्यात वसई आणि इतर बंदरे होती, आणि 1661 मध्ये कॅथरीन ऑफ ब्रागांझाच्या हुंड्याचा भाग म्हणून मुंबईची बेटे इंग्रजांकडे गेली आणि लवकरच ती ईस्ट इंडिया कंपनीकडे सोपवण्यात आली. इंग्रज-मराठा युद्धांच्या मालिकेनंतर 1818 मध्ये पेशवाई संपुष्टात आली आणि या प्रदेशाचा बहुतांश भाग मुंबई प्रांतात सामील झाला. महाराष्ट्राने ज्योतिराव आणि सावित्रीबाई फुले, बाळ गंगाधर टिळक, गोपाळ कृष्ण गोखले आणि डॉ. बाबासाहेब आंबेडकर यांच्यासारखे अनेक सुधारक आणि नेते दिले. भारतीय राष्ट्रीय काँग्रेसचे पहिले अधिवेशन 1885 मध्ये मुंबईत भरले, आणि ऑगस्ट 1942 मध्ये भारत छोडो आंदोलनाची सुरुवात मुंबईतूनच झाली.
स्वातंत्र्यानंतर 1956 च्या राज्य पुनर्रचना कायद्याने विदर्भ आणि मराठवाड्यासह मोठे द्विभाषिक मुंबई राज्य निर्माण केले. संयुक्त महाराष्ट्र चळवळीने स्वतंत्र मराठीभाषक राज्यासाठी लढा दिला, आणि 1 मे 1960 रोजी मुंबई राज्याचे महाराष्ट्र आणि गुजरात असे विभाजन झाले. 1995 मध्ये अधिकृतपणे मुंबई असे नामांतर झालेले बॉम्बे शहर ही राज्याची राजधानी आहे, तर नागपूर ही उपराजधानी असून तेथे विधिमंडळाचे हिवाळी अधिवेशन भरते. रायगड आणि सिंहगडसारखे किल्ले आणि अजिंठा व वेरूळची लेणी पर्यटकांसमोर हा इतिहास जिवंत करतात.