പുരാതന ഇന്ത്യൻ മഹാസമുദ്രവ്യാപാരത്തോളം നീളുന്ന ചരിത്രമാണ് പുതുച്ചേരിയുടേത്. പട്ടണത്തിന് ഏതാനും കിലോമീറ്റർ തെക്കുള്ള അരിക്കമേട്ടിൽ ഏകദേശം ബിസി രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടുമുതൽ ക്രിസ്തുവർഷം ഒന്നാം നൂറ്റാണ്ടുവരെ തഴച്ചുവളർന്ന തിരക്കേറിയ ഒരു വ്യാപാരതുറമുഖത്തിന്റെ അവശിഷ്ടങ്ങൾ പുരാവസ്തുഗവേഷകർ കണ്ടെത്തി. റോമൻ മൺപാത്രങ്ങൾ, വീഞ്ഞുഭരണികൾ, ഗ്ലാസ് എന്നിവയ്ക്കൊപ്പം പ്രാദേശികമായി നിർമിച്ച മുത്തുമണികളും തുണിത്തരങ്ങളും പോലുള്ള കണ്ടെത്തലുകൾ ഈ കേന്ദ്രം മെഡിറ്ററേനിയൻ ലോകവുമായി വ്യാപാരം നടത്തിയിരുന്നുവെന്ന് കാണിക്കുന്നു. ആദ്യകാല സംഘസാഹിത്യത്തിൽ കീർത്തിക്കപ്പെടുന്ന തമിഴകത്തിന്റെ ഭാഗവുമായിരുന്നു ഈ പ്രദേശം; വേദപഠനത്തിന്റെ ഒരു കേന്ദ്രമായും അത് അറിയപ്പെട്ടിരുന്നു.
തുടർന്നുള്ള നൂറ്റാണ്ടുകളിൽ ഈ പ്രദേശം പല മഹത്തായ ദക്ഷിണേന്ത്യൻ ശക്തികളുടെയും കീഴിലായി. കാഞ്ചീപുരത്തെ പല്ലവരും ചോളരും പാണ്ഡ്യരും വിവിധ കാലങ്ങളിൽ ഇവിടെ ഭരിച്ചു; ഈ കാലഘട്ടങ്ങളിലെ ലിഖിതങ്ങളും ക്ഷേത്രങ്ങളും പ്രദേശത്തിനകത്തും ചുറ്റുമായി നിലനിൽക്കുന്നു. പിന്നീട് ഈ പ്രദേശം വിജയനഗര സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ ഭാഗമാവുകയും തുടർന്ന് വിവിധ പ്രാദേശിക ഭരണാധികാരികളുടെ കീഴിലാവുകയും ചെയ്തു. വരദരാജ പെരുമാൾ ക്ഷേത്രവും വില്ലിയനൂരിലെയും ബാഹൂരിലെയും ക്ഷേത്രങ്ങളും പോലുള്ള പഴയ ആരാധനാലയങ്ങൾ ഈ നീണ്ട തമിഴ് പൈതൃകം പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്നു.
പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടിൽ യൂറോപ്യൻ വ്യാപാരികൾ എത്തി. 1674ൽ ഫ്രഞ്ച് ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യാ കമ്പനി പോണ്ടിച്ചേരിയിൽ ഒരു വ്യാപാരകേന്ദ്രം സ്ഥാപിച്ചു; ഫ്രാൻസ്വ മാർട്ടിന്റെ കാലത്ത് അത് ഇന്ത്യയിലെ പ്രധാന ഫ്രഞ്ച് കുടിയേറ്റകേന്ദ്രമായി വളർന്നു. 1693ൽ ഡച്ചുകാർ പട്ടണം പിടിച്ചെടുത്തെങ്കിലും ഏതാനും വർഷങ്ങൾക്കുശേഷം തിരികെ നൽകി. പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിൽ മലബാർ തീരത്തെ മാഹിയും ആന്ധ്രാതീരത്തെ യാനവും തമിഴ്തീരത്തെ കാരയ്ക്കലും ഫ്രഞ്ചുകാർ സ്വന്തമാക്കി. പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ മധ്യത്തിൽ ഗവർണർ ജോസഫ് ഫ്രാൻസ്വ ദ്യൂപ്ലെയുടെ കാലത്ത് ബ്രിട്ടീഷുകാരുമായുള്ള കർണാട്ടിക് യുദ്ധങ്ങളിൽ ദക്ഷിണേന്ത്യയിലെ ഫ്രഞ്ച് മോഹങ്ങളുടെ ആസ്ഥാനമായി പോണ്ടിച്ചേരി മാറി. 1761ൽ ബ്രിട്ടീഷുകാർ പട്ടണം പിടിച്ചെടുക്കുകയും അതിന്റെ ഏറിയ പങ്കും നശിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു; 1816ൽ ഒടുവിൽ ഫ്രാൻസിന് തിരികെ ലഭിക്കുംമുമ്പ് പലതവണ അത് കൈമാറ്റം ചെയ്യപ്പെട്ടു.
ഫ്രഞ്ച് ഭരണം പട്ടണത്തിന്റെ തനതായ രൂപരേഖയ്ക്ക് രൂപം നൽകി; വൃത്തിയുള്ള ഒരു ജാലികപോലുള്ള തെരുവുകളും, ഇന്ന് വൈറ്റ് ടൗൺ എന്നറിയപ്പെടുന്ന ഫ്രഞ്ച് ഭാഗത്തെ തമിഴ് ഭാഗത്തുനിന്ന് വേർതിരിക്കുന്ന ഒരു കനാലും അതിന്റെ സവിശേഷതകളാണ്. കടലോരത്തെ പ്രൊമനേഡിലൂടെ ഉലാത്താനും ഭാരതി പാർക്കിലെ ആയി മണ്ഡപം കാണാനും സേക്രഡ് ഹാർട്ട് ബസിലിക്ക, നോത്രദാം ദെ സാഞ്ച് തുടങ്ങിയ പള്ളികളും മണക്കുള വിനായകർ ക്ഷേത്രവും സന്ദർശിക്കാനും സന്ദർശകർക്ക് കഴിയും. ഒരു ഫ്രഞ്ച് പ്രദേശമായിരുന്നതിനാൽ ബ്രിട്ടീഷ് അധികാരികളിൽ നിന്ന് രക്ഷപ്പെട്ട ഇന്ത്യൻ ദേശീയവാദികളുടെ അഭയകേന്ദ്രമായി പോണ്ടിച്ചേരി മാറി. തമിഴ് കവി സുബ്രഹ്മണ്യ ഭാരതി ഏകദേശം ഒരു ദശകം ഇവിടെ താമസിച്ചു; 1910ൽ ശ്രീ അരവിന്ദൻ ഇവിടെയെത്തി. 1926ൽ സ്ഥാപിതമായ ശ്രീ അരവിന്ദ ആശ്രമവും 1968ൽ സ്ഥാപിതമായ സമീപത്തെ അന്താരാഷ്ട്ര നഗരമായ ഓറോവില്ലും ഇന്നും ലോകമെമ്പാടുമുള്ള സന്ദർശകരെ ആകർഷിക്കുന്നു.
ഇന്ത്യൻ സ്വാതന്ത്ര്യത്തിനുശേഷം ഫ്രഞ്ച് അധീനപ്രദേശങ്ങൾ ഇന്ത്യയിൽ ചേരണമെന്ന ആവശ്യമുയർത്തി ഒരു പ്രസ്ഥാനം വളർന്നു. 1949ൽ ബംഗാളിലെ ചന്ദർനഗർ ഇന്ത്യയിൽ ചേരാൻ വോട്ട് ചെയ്തു. 1954ൽ തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ട ജനപ്രതിനിധികളുടെ വോട്ടെടുപ്പിനെത്തുടർന്ന് 1954 നവംബർ 1ന് പോണ്ടിച്ചേരി, കാരയ്ക്കൽ, മാഹി, യാനം എന്നീ ഫ്രഞ്ച് പ്രദേശങ്ങൾ ഇന്ത്യൻ ഭരണത്തിന് കൈമാറപ്പെട്ടു. 1956ൽ ഒരു കൈമാറ്റ ഉടമ്പടി ഒപ്പുവയ്ക്കപ്പെട്ടു; 1962ൽ കൈമാറ്റം ഔപചാരികമായി നിയമപ്രാബല്യം നേടി.
1963ൽ ഈ പ്രദേശം തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ട സ്വന്തം നിയമസഭയുള്ള ഒരു കേന്ദ്രഭരണപ്രദേശമായി. മൂന്ന് സംസ്ഥാനങ്ങളിലായി ചിതറിക്കിടക്കുന്ന നാല് വേറിട്ട മേഖലകൾ ചേർന്നതാണ് എന്നതാണ് ഇതിന്റെ അസാധാരണത്വം: തമിഴ്നാടിനുള്ളിൽ പുതുച്ചേരിയും കാരയ്ക്കലും, കേരളത്തിൽ മാഹി, ആന്ധ്രാപ്രദേശിൽ യാനം. 2006ൽ പട്ടണത്തിന്റെയും പ്രദേശത്തിന്റെയും ഔദ്യോഗിക നാമം പോണ്ടിച്ചേരി എന്നതിൽ നിന്ന് പുതുച്ചേരി എന്നാക്കി മാറ്റി; പുതുച്ചേരി തന്നെയാണ് തലസ്ഥാനം.