मणिपुर हरी-भरी पहाड़ियों से घिरी एक उपजाऊ अंडाकार घाटी वाला छोटा और सुंदर राज्य है, जिसके हृदय में लोकटक झील है। उखरुल ज़िले की खंगखुई और तामेंगलोंग ज़िले की थारोन जैसी गुफाओं में पाषाण युग के औज़ार और अन्य प्रागैतिहासिक अवशेष मिले हैं, जो बताते हैं कि इन पहाड़ियों में बहुत पुराने समय से लोग रहते थे। सदियों के दौरान घाटी मैतेई लोगों का घर बनी, जबकि आसपास की पहाड़ियों में नागा और कुकी ज़ो समूहों सहित कई समुदाय बसे, जिनकी अपनी भाषा, रीति-रिवाज और परंपराएँ हैं।
घाटी राज्य का इतिहास चैथारोल कुम्बाबा नाम के राजकीय इतिवृत्त में दर्ज है, जो निंगथौजा वंश के राजाओं की लंबी परंपरा का ब्योरा देता है। इस इतिवृत्त के अनुसार इस वंश की स्थापना लगभग दो हज़ार साल पहले नोंगदा लाइरेन पाखंगबा ने की थी। शासक इंफाल नदी के किनारे स्थित कांगला से राज करते थे, जो सदियों तक राज्य का राजनीतिक और आध्यात्मिक केंद्र रहा। कांगला अब इंफाल के बीचोंबीच एक संरक्षित धरोहर स्थल है, जहाँ पुनर्निर्मित द्वार, मंदिर और पुराने शाही भवनों के खंडहर हैं।
18वीं शताब्दी की शुरुआत में राजा पामहैबा, जो गरीब निवाज़ के नाम से अधिक प्रसिद्ध हैं, ने वैष्णव धर्म अपनाया, जो पुरानी सनामही आस्थाओं के साथ-साथ मैतेई संस्कृति का एक महत्वपूर्ण हिस्सा बन गया। उसी सदी में बाद में राजा भाग्यचंद्र, जिन्हें राजर्षि भाग्यचंद्र भी कहा जाता है, को मणिपुरी रासलीला के विकास का श्रेय दिया जाता है, जो एक मनोहर नृत्य शैली है और अब भारत के शास्त्रीय नृत्यों में गिनी जाती है। मणिपुर पोलो की जन्मभूमि के रूप में भी प्रसिद्ध है, जिसे स्थानीय रूप से सगोल कांगजेई कहा जाता है। 19वीं शताब्दी में ब्रिटिश अधिकारियों ने यह खेल यहीं सीखा और इसे दुनिया भर में फैलाने में मदद की, और इंफाल के मापल कांगजेईबुंग को अक्सर आज भी इस्तेमाल होने वाले सबसे पुराने पोलो मैदानों में से एक बताया जाता है।
इस राज्य को बर्मा के साथ बार-बार युद्धों का सामना करना पड़ा। 1819 से 1826 तक बर्मी सेनाओं ने मणिपुर पर कब्ज़ा रखा, जिसे सात वर्षों की तबाही के रूप में याद किया जाता है। ब्रिटिश सहायता से राजकुमार गंभीर सिंह ने बर्मियों को खदेड़ दिया, और 1826 की यांडाबू संधि ने उन्हें शासक के रूप में मान्यता दी। 1891 में सिंहासन को लेकर हुए विवाद के कारण आंग्ल-मणिपुर युद्ध हुआ। अंग्रेज़ों ने खोंगजोम में निर्णायक युद्ध जीता, और राजकुमार टिकेंद्रजीत तथा जनरल थंगल को इंफाल में फाँसी दे दी गई। इसके बाद मणिपुर ब्रिटिश नियंत्रण में एक रियासत बन गया। महिला व्यापारियों ने अन्यायपूर्ण औपनिवेशिक नीतियों के ख़िलाफ़ 1904 और 1939 में नुपी लान नाम के दो आंदोलनों का नेतृत्व किया।
द्वितीय विश्व युद्ध के दौरान मणिपुर एक बड़ा युद्धक्षेत्र बन गया। 1944 में जापानी सेनाएँ और आज़ाद हिंद फ़ौज इंफाल की ओर बढ़ीं, और आज़ाद हिंद फ़ौज ने मोइरांग में अपना झंडा फहराया। कोहिमा की लड़ाई के साथ लड़ी गई इंफाल की लड़ाई मित्र राष्ट्रों की निर्णायक जीत के साथ समाप्त हुई, जिसने बर्मा में युद्ध का रुख़ पलट दिया। मोइरांग का आईएनए स्मारक और इंफाल के युद्ध क़ब्रिस्तान इन घटनाओं की याद दिलाते हैं।
1947 में मणिपुर ने अपना संविधान अपनाया और एक विधानसभा के लिए चुनाव कराए। महाराजा ने 1949 में भारत के साथ विलय समझौते पर हस्ताक्षर किए, और 15 अक्टूबर 1949 को मणिपुर औपचारिक रूप से भारत का हिस्सा बन गया। इसका प्रशासन पहले पार्ट सी राज्य के रूप में और फिर 1956 से केंद्र शासित प्रदेश के रूप में चला, और 21 जनवरी 1972 को यह पूर्ण राज्य बना। इंफाल इसकी राजधानी है। कांगला किला, श्री गोविंदजी मंदिर और लोकटक झील इसकी विरासत को जानने की शुरुआत के लिए बेहतरीन स्थान हैं।