गोवा भले ही अपने समुद्र तटों के लिए प्रसिद्ध हो, लेकिन इसका इतिहास लंबा और परतदार है। मानव गतिविधि के सबसे पुराने निशानों में दक्षिण गोवा में कुशावती नदी के किनारे उसगालिमल की प्रागैतिहासिक शैल नक्काशियाँ हैं, जिनमें जानवर, मानव आकृतियाँ और प्रतीक दिखाई देते हैं। समय के साथ गोवा पश्चिमी तट पर एक स्वाभाविक व्यापारिक केंद्र बन गया, और इसकी नदियों और बंदरगाहों ने इसे हिंद महासागर की व्यापक दुनिया से जोड़ा।
प्राचीन काल में गोवा दक्कन की कई बड़ी शक्तियों के प्रभाव में रहा, जिनमें मौर्य और सातवाहन शामिल थे, और उनके बाद भोज जैसे स्थानीय शासक आए। बाद में यहाँ बादामी के चालुक्यों और राष्ट्रकूटों का शासन रहा। लगभग 10वीं शताब्दी से गोवा के कदंब वंश का उदय हुआ, जिसने पहले आज के चांदोर के पास चंद्रपुर से और बाद में जुआरी नदी पर स्थित गोपकपट्टण से शासन किया। कदंबों ने व्यापार को बढ़ावा दिया और मंदिर बनवाए, और जंगल में छिपा पत्थर का छोटा-सा तांबडी सुर्ला महादेव मंदिर उनके स्थापत्य का सबसे अच्छा बचा हुआ उदाहरण है।
14वीं और 15वीं शताब्दी में गोवा दिल्ली सल्तनत, विजयनगर साम्राज्य और बहमनी सल्तनत के हाथों से होकर गुज़रा। फिर यह बीजापुर के आदिलशाही राज्य का हिस्सा बना, जिसने आज के पुराने गोवा की जगह पर बसे एला को एक महत्वपूर्ण बंदरगाह बनाया। पोंडा की सफ़ा मस्जिद इसी आदिलशाही दौर की है। 1510 में पुर्तगाली सेनापति अफ़ोंसो दे अल्बुकर्क ने इस शहर पर कब्ज़ा कर लिया, जिससे 450 से अधिक वर्षों के पुर्तगाली शासन की शुरुआत हुई।
पुर्तगालियों के समय पुराना गोवा उनके एशियाई साम्राज्य की भव्य राजधानी बन गया, और 1542 में आए फ़्रांसिस ज़ेवियर जैसे मिशनरियों ने इसे एशिया में ईसाई धर्म का एक बड़ा केंद्र बना दिया। फ़्रांसिस ज़ेवियर के अवशेषों वाला बॉम जीसस बेसिलिका और से कैथेड्रल, यूनेस्को विश्व धरोहर स्थल गोवा के गिरजाघर और कॉन्वेंट का हिस्सा हैं। पुर्तगालियों ने आग्वाद और रेइस मागोस जैसे मज़बूत तटीय किले भी बनवाए। इस दौर में कई हिंदू मंदिर भीतरी इलाकों में, पोंडा के आसपास, फिर से बनाए गए। बीमारियों और अन्य कारणों से पुराने गोवा का पतन हो गया, और 1843 में राजधानी को औपचारिक रूप से पंजिम, यानी आज के पणजी, में स्थानांतरित कर दिया गया।
सदियों तक गोवा के लोगों ने अलग-अलग तरीकों से औपनिवेशिक शासन का विरोध किया। आधुनिक स्वतंत्रता आंदोलन को तब गति मिली जब समाजवादी नेता राम मनोहर लोहिया ने 18 जून 1946 को मडगाँव में एक जनसभा को संबोधित किया, और यह तारीख अब गोवा क्रांति दिवस के रूप में मनाई जाती है। 1947 में भारत के स्वतंत्र होने के बाद भी गोवा पुर्तगाली शासन में ही रहा। 19 दिसंबर 1961 को भारतीय सेना गोवा में दाख़िल हुई, और पुर्तगाली शासन का अंत हो गया। यह दिन गोवा मुक्ति दिवस के रूप में मनाया जाता है।
इसके बाद गोवा का प्रशासन गोवा, दमन और दीव केंद्र शासित प्रदेश के हिस्से के रूप में चला। जनवरी 1967 में हुए जनमत सर्वेक्षण में गोवा के लोगों ने महाराष्ट्र में विलय के बजाय अलग बने रहना चुना। 30 मई 1987 को गोवा पणजी को राजधानी बनाकर भारत का पूर्ण राज्य बना, जबकि दमन और दीव केंद्र शासित प्रदेश बने रहे। गोवा की मुख्य भाषा कोंकणी को 1992 में संविधान की आठवीं अनुसूची में शामिल किया गया। पर्यटक पुराने गोवा के गिरजाघरों, पणजी के लैटिन क्वार्टर फ़ॉन्टेनहास, पोंडा के मंदिरों और तटीय किलों में इस अतीत को देख सकते हैं।